Der musikalische Schwerpunkt der Konzerte besteht darin, Spannungsverhältnisse zwischen zeitgenössischem Jazz und anderen aktuellen Musikformen, wie freier Improvisationsmusik, experimentellem Rock, zeitgenössischer Komposition, moderner Folklore und Weltmusik auszuloten. Dem Jazzkeller 69 geht es darum, experimentierfreudigen Bandprojekten ein Podium mit garantierten Gagen zu geben, damit Jazz aus Berlin weiterhin seinem Ruf gerecht werden kann, besonders unkonventionell und kreativ zu sein.
Mit regelmäßigen Konzerten fördert der Verein Berliner Musikerinnen und Musiker, stellt Neues vor und wagt Experimente. Jazzkeller 69 bietet ein bezahltes Podium für Modern und Avantgarde-Jazz und dem Publikum eine preiswerte Gelegenheit, Entwicklungen zu verfolgen sowie verschiedene Seiten des musikalischen Schaffens der Beteiligten zu erleben.
Die Programmgestaltung verdeutlicht, dass künstlerischer Anspruch keinesfalls Unterhaltung im besten Sinne oder schrägen musikalischen Humor ausschließt und dass Lust am künstlerischen Experimentieren nicht im Gegensatz zur Pflege der Jazztraditionen steht.
Seit 1969 sind Jazzfans dem ehemaligen Kreiskulturhaus Treptow verbunden, zuerst nur als Zuhörer und später als ehrenamtliche Organisatoren einer Konzertreihe, in der sich die Entwicklung der Berliner Jazzszene widerspiegelt. Aus der neuen politischen Situation ergab sich 1992 die Gründung des Vereins Jazzkeller 69. Als aktive Jazzfans haben die Vereinsmitglieder in den zurückliegenden 50 Jahren die Entwicklung der Jazzszene Berlins durch alle politischen Umbrüche begleitet und waren immer wieder gleichsam Kristallisationspunkt für wichtige von Berlin ausgehende künstlerische Impulse und stilistische Bewegungen.